Ett av tusen spedbarn i Norge fødes med en alvorlig genetisk sykdom som krever umiddelbar behandling, helst før symptomer i det hele tatt oppstår. Utvidelsen av genetisk i tillegg til biokjemisk analyse i screening-programmet av nyfødte gjør at man kan identifisere pasientene mer presist og raskere, og dermed forbedre prognosene deres.
Tekst: Cassandra Trier, forsker, PhD, Avdeling for nyfødtscreening, Barne- og ungdomsklinikken, Oslo universitetssykehus. Foto: OUS og privat.
Avdelingen for nyfødtscreening tester for øyeblikket 25 alvorlige genetiske sykdommer som kan behandles.
Screeningen tilbys alle nyfødte i Norge og omfatter en blodprøve tatt fra barnets hel innen 48-72 timer etter fødsel. Prøven sendes til oss på filterkort for analyse.
I screeningprogrammer verden over utføres testen med metabolske analyser av biomarkører som er relevante for de spesifikke sykdommene.
I Norge har vi utvidet programmet til å også inkludere en hurtig sekvens-analyse av sykdomsgenene der oppklarende informasjon trengs.
Hva får vi ut av genetisk analyse?
Biomarkørene i seg selv er ofte gode indikatorer på sykdommene vi tester for. Men, forhøyede verdier av biomarkørene kan også i enkelte tilfeller skyldes andre forhold, for eksempel hos premature barn eller barn med lav fødselsvekt. Dette kan dermed lede til falske positive tester.
Med genetiske analyser kan man i prinsippet koble sykdomstrekkene til genotype. Slike tester kan derfor oppklare usikkerheter, ytterligere øke screeningens positiv prediktiv verdi, og hjelpe med å belyse mer komplekse caser hvor sykdomsbildet er uklart.
Vil genetikken erstatte biokjemiske tester i nyfødscreening?
Det har vært stor begeistring knyttet til utviklingen av next-generation sequencing (NGS) ettersom det muliggjør kjappe og kostnadseffektive analyser av svært mange prøver samtidig.
Det har også blitt spekulert i om disse nye metodene vil fullstendig overta for biokjemiske analyser i screeningprogrammer. Men NGS-data er ikke uproblematisk. Spesielt opplever vi utfordringer knyttet til såkalte pseudogener eller paraloge gener.
I praksis er det snakk om kopier av sykdomsgenene vi egentlig er på jakt etter, men som har ørsmå forskjeller i baserekkefølgen og dermed en annen funksjon. Når vi gjør genetiske analyser av pasientene, søker vi i genprøvene deres opp mot et genetisk referansebibliotek.
Problemene oppstår når de korte sekvensene gir treff på både de aktuelle sykdomsgenene og pseudogenene/paralogene (som ikke har noen effekt). For eksempel, og i verste fall, kan man da ende opp med å konkludere at personen er frisk når det motsatte faktisk er tilfelle, en såkalt falsk negativ. Vi jobber nå med å løse dette problemet.
I tillegg finnes det mange genetiske varianter med ukjent betydning, og genetisk analyse alene kan derfor resultere i mange falske positiver og generelt usikre resultater. Inntil videre er derfor biokjemiske og genetiske analyser sterkt komplementerende til hverandre. I dag betyr dette både mer presise og raskere resultater.
Hva vil fremtiden bringe?
Programmet for nyfødtscreening utvider bruken av NGS-metoder i screening-prosessen, og prøver ut nye teknologier for å overkomme utfordringene vi har møtt på til nå.
Å ta i bruk sekvenseringsteknologi som gir lengre avlesninger vil for eksempel kunne løse problemene med pseudogener. Vi ønsker også å undersøke i hvilken grad strukturelle varianter kan påvirke sykdomsbildet.
Ved å utvide bruk av NGS-teknologien, kan vi bedre koble genotype og sykdomstrekkene vi undersøker. I tillegg er vi godt forberedt på utvidelse av programmet til å inkludere flere sykdommer når nye behandlingsalternativer blir klare.
ekspertsykehusetblog.wordpress.com 